Der Hartmannbund ist ein bundesweit agierender freier Verband. Er gliedert sich in Landesverbände ohne eigene Rechtspersönlichkeit. Die Organe des Verbands sind der Geschäftsführende Vorstand, der Gesamtvorstand und die Hauptversammlung.
Der Geschäftsführende Vorstand des Hartmannbunds setzt sich aus dem Vorsitzenden, einem Stellvertreter sowie mindestens drei und maximal fünf Beisitzern zusammen. Einer der Beisitzer wird auf einen Vorschlag aus der Mitte des die jungen Ärztinnen und Ärzte vertretenden Arbeitskreises Assistenzärzte gewählt. Der Vorsitzende des Ausschusses Medizinstudierende ist qua Amt kooptiertes Vorstandsmitglied. Der Geschäftsführende Vorstand ist berechtigt, weitere Mitglieder in den Geschäftsführenden Vorstand zu kooptieren. Seine Mitglieder werden alle vier Jahre von der ordentlichen Hauptversammlung gewählt. Der Geschäftsführende Vorstand führt die Geschäfte des Verbandes mit Hilfe einer Geschäftsstelle. Er ist Vorstand im Sinne des Bürgerlichen Gesetzbuches.
Die Hauptversammlung ist das oberste Beschlussgremium. Sie setzt sich aus den Delegierten der Landesverbände und den von den korporativen Mitgliedsverbänden entsandten stimmberechtigten Vertretern zusammen. Auf je 500 Mitglieder eines Landesverbandes entfällt ein Delegierter, auf jeden Landesverband mindestens ein Delegierter. Die ordentliche Hauptversammlung findet einmal jährlich statt. Sie beschließt unter anderem die Anerkennung von Arbeitskreisen, die Aufgaben mit besonderer fachlicher Zielsetzung verfolgen.
Der Gesamtvorstand besteht aus dem Geschäftsführenden Vorstand, den Vorsitzenden der Landesverbände, zwei Vertretern der korporativen Mitgliedsverbände und den Vorsitzenden der Arbeitskreise. Der Gesamtvorstand gibt sich eine Geschäftsordnung und bestimmt die Befugnisse des Vorsitzenden des Verbandes und die des Geschäftsführenden Vorstands. Der Geschäftsführende Vorstand ist an die Beschlüsse des Gesamtvorstandes gebunden. Der Gesamtvorstand kann für bestimmte Arbeitsgebiete ständige oder zeitlich begrenzte Ausschüsse bestimmen.